大姚平安医院设置了急诊科、内一科、内二科、外一科、外二科、妇产科、疼痛科、中医科、口腔科、眼耳鼻喉科、麻醉科、血透室12个临床科室和放射科、检验科、功能科、药剂科4个医药技科室。2020年11月开设介入室,2021年9月,经大姚县残疾人联合会委托第三方专家组评估验收顺利通过,设立康复科。